La Team Rocket a capturé Meloetta, l'a emmenée dans le Temple Englouti et a utilisé un enregistrement de son chant pour ramener le temple à la surface des eaux. L'Opération Tempête continue. Giovanni s'empare du mystérieux Miroir Sacré et l'utilise pour faire apparaître les trois Pokémon légendaires Boréas, Fulguris et Démétéros ! Le Protecteur de Meloetta, Hugo, explique que celui qui contrôle Meloetta contrôle aussi ces trois puissances ancestrales.