2002년 겨울, 각자 자신의 소원을 이루기 위해 싸우고 있던 13명의 가면 라이더 중 류우키, 나이트, 졸더, 오쟈, 팜, 그리고 「의문의 라이더」이렇게 6명만이 남게 되었다. 그러던 어느날, 라이더 배틀의 주최자 칸자키 시로는 살아 남은 라이더들에게 스스로의 소원을 이룰수 있는 시간은 3일만 남았다고 한다. 싸움을 멈추려고 하는 키도 신지의 말도 허무해진채 라이더들은 승자가 되기위해 마지막 싸움을 펼치게 된다. 그러던 중, 류우키와 같은 모습을 한 라이더 류우가가 마지막으로 싸움에 끼어들게 된다. 여러가지 수수께끼 속에서, 라이더들의 마지막 싸움이 시작된다.