Seizoen twee begint met een remedie voor het rode virus en het doel om de mensheid te redden. Marinekapitein Tom Chandler en zijn bemanning keren terug naar de Verenigde Staten, onzeker over wat ze zullen aantreffen. Terwijl de bemanning op zoek is naar overlevenden en hun families, ontmoeten ze een nieuwe, opkomende vijand die strijdt om controle en de massaproductie van de remedie kan belemmeren.