Japonya, Büyük Felaket'ten sonra çökmüştür. Kiruko, Maru adlı bir çocuğu Cennet denen bir yere götürme ricasını kabul eder. Bu sırada çocuklar, yeşilliklerle çevrili bir kreşte yaşamaktadır. Gizemli bir mesaj alan Tokio, etrafındaki dünyadan şüphe etmeye başlar.