De twee topspionnen Mason Kane en Nadia Singh van het onafhankelijk spionnennetwerk Citadel komen in conflict met een nieuw misdadig syndicaat -Manticore, met catastrofale gevolgen. Acht jaar later leidt Mason een rustig leven als Kyle Conroy, zonder herinnering aan zijn verleden. Tot op een dag een oud-collega zijn hulp vraagt om te voorkomen dat Manticore een nieuwe wereldorde sticht.