Sasuke est finalement parti avec Orochimaru, mais Naruto n'est pas prêt de l'abandonner. Déterminé à ramener Sasuke, il retourne au village avec Shikamaru et les autres. Pendant ce temps-là, Yahiko apparaît dans le village, se faisant désormais appeler «Pain» et cherchant à se venger de la trahison de Konoha.